Paul Raison é um funcionário de meia-idade que ocupa um cargo de confiança no Ministério da Economia francês. Apesar do êxito na profissão, sua relação com a mulher está arruinada, e sua vida foi sugada por um vazio existencial.
Suas atribuições no governo, no entanto, estão longe de ser pacatas. Ele tem de lidar com um grupo terrorista poderoso, que ameaça seu superior direto, o ministro Bruno Juge. Nesse meio tempo, Juge está engajando em uma corrida eleitoral, como candidato a vice-presidente, e Paul é seu interlocutor mais próximo.
Em meio ao calor das ameaças e das disputas, o pai de Paul tem um acidente vascular cerebral, o que o obriga a viajar ao interior da França para reencontrar a madrasta e seus dois irmãos, com quem nunca teve boas relações.
Aniquilar é uma crítica incisiva à sociedade contemporânea, mas desta vez Houellebecq mergulha mais fundo ao encarar a dor da perda e o medo na iminência da morte.